Instytut w ramach swojej działalności naukowo-badawczej współpracuje z wieloma instytucjami i organizacjami zarówno w Polsce, jak i za granicą.
W kraju są to przede wszystkim: Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Uniwersytet Rolniczy w Krakowie, instytuty Polskiej Akademii Nauk oraz instytuty resortowe będące pod nadzorem Ministra Środowiska. Poza granicami kraju współpracujemy z instytutami leśnymi z: Austrii, Niemiec, Czech, Słowacji, Ukrainy, Białorusi, Szwecji, Szwajcarii, USA, Rosji, Wielkiej Brytanii, Holandii, Francji oraz Finlandii. Współpraca z instytucjami z zagranicy polega na realizacji wspólnych projektów, a z organizacjami międzynarodowymi, takimi jak IUFRO (Międzynarodowa Unia Leśnych Organizacji Badawczych) czy też EFI (Europejski Instytut Leśny), na pełnieniu licznych funkcji przez pracowników instytutu.
Partnerami Instytutu Badawczego Leśnictwa w projektach naukowo-badawczych są:
Szkoła Główna Służby Pożarniczej
Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
Katolicki Uniwersytet Lubelski
Uniwersytet Przyrodniczo-Humanistyczny w Siedlcach
Uniwersytet Gdański
Instytut Ochrony Roślin w Poznaniu
Uniwersytet im. Mikołaja Kopernika w Toruniu
Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Polska Akademia Nauk
Uniwersytet Warszawski
Uniwersytet Rolniczy w Krakowie
Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu
Uniwersytet Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy
Uniwersytet w Białymstoku.
Instytut Dendrologii PAN w Kórniku
Centrum Naukowo-Badawcze Ochrony Przeciwpożarowej w Józefowie k/Otwocka
Ośrodek Przetwarzania Informacji
Centrum Badawcze i Szkoleniowe Lasów, Zagrożeń Naturalnych i Krajobrazu, Austria
Biuro Promocji Polski PolSCA przy Komisji Europejskiej, Belgia
Państwowy Park Narodowy „Belovezhskaya Pushcha”, Białoruś
Międzynarodowa Unia Organizacji Leśnych
Europejski Instytut Leśny (EFI), Finlandia
METLA Fiński Instytut Badawczy Leśnictwa, Finlandia
Uniwersytet Rolniczy w Tbilisi. Gruzja
Uniwersytet w Valladolid, Hiszpania
Uniwersytet i Centrum Badawcze Wageningen, Holandia
Litewska Państwowa Służba Leśna, Departament Ochrony Sanitarnej, Litwa
Globalne Centrum Monitoringu Pożarów, Freiburg, Niemcy
Szwedzki Uniwersytet Rolniczy SLU, Umea i Alnarp, Szwecja
Narodowy Uniwersytet Leśnotechniczny Ukrainy we Lwowie, Ukraina
Uniwersytet we Florencji, Włochy
Instytut Badawczy Leśnictwa i Gospodarki Łowieckiej, Jiloviště-Strnady, Czechy
Narodowe Centrum Leśne, Zwoleń, Słowacja
Norweski Instytut Leśnictwa i Krajobrazu, Norwegia